差次的発現解析の結果を貼り付け、有意性の閾値を設定し、論文掲載可能なボルケーノプロットをダウンロードできます。すべてブラウザ上で動作します。データがデバイスから外部に送信されることはありません。
ボルケーノプロットは、統計的有意性を生物学的効果量に対してプロットした散布図です。横軸は log₂ 倍率変化、縦軸は −log₁₀ p-value を示します。上隅に位置する点は、変化が大きくかつ統計的に有意な遺伝子（またはタンパク質、代謝物、その他の特徴）を表しており、追試の有力な候補となります。
ゲノミクス、プロテオミクス、メタボロミクスの研究者は、ボルケーノプロットを使って数千もの比較をひと目で選別しています。スプレッドシートを1行ずつ調べる代わりに、チャート上の位置からアップレギュレーションされた特徴とダウンレギュレーションされた特徴を即座に見分けられます。Nature Methods や Bioinformatics などのジャーナルは、この形式が変化の大きさと信頼性という2つの重要な次元を1つの直感的なビューにまとめられるため、日常的にこの形式の図を掲載しています。
このボルケーノプロット作成ツールは、ブラウザ上で完全に動作します。遺伝子名、log₂ 倍率変化、p-value の表を貼り付けると、ツールがCSVまたはTSVを自動的に解析し、チャートをリアルタイムで描画して、論文投稿に適したベクターSVGまたは高解像度PNGをエクスポートできます。インストール不要、アカウント作成不要で、データがあなたのマシンの外に出ることはありません。
同じボルケーノプロット作成ツールが、RNA-seq、プロテオミクス、メタボロミクス、シングルセル実験のデータを処理します。以下の各例は異なるデータセットを使用して、有意性の閾値とラベル付けがさまざまなスケールや分布にどのように適応するかを示しています。
処理群と対照群を比較する典型的なバルクRNA-seq解析で、DESeq2の出力をボルケーノプロット作成ツールに直接貼り付けた例です。赤と青のクラスターは、倍率変化とp-valueのカットオフを超える多数の差次的発現遺伝子を強調しています。
質量分析実験から得られたラベルフリー定量プロテオミクスデータです。トランスクリプトームよりも総特徴数は少ないですが、ボルケーノプロットは有意なヒットをバックグラウンドノイズからひと目で分離します。
調整済みp-value（FDR）を用いたノンターゲットメタボロミクス比較。ボルケーノプロット作成ツールはp_adjまたはFDR列を受け付け、指定した指標に一致するしきい値線を描画します。
ボルケーノプロット作成ツールで解析したシングルセルRNA-seqクラスター比較のマーカー遺伝子。数千の特徴量と非常に小さなp-valueがある場合、ツールはy軸を自動スケーリングし、最も有意なヒットにのみラベルを付けます。
生の差次的発現データから、原稿にそのまま貼り付けられる図までの4つのステップ。ボルケーノプロット作成ツールが列の検出、スケーリング、描画を自動的に処理します。
解析ツール（DESeq2、limma、edgeR、または遺伝子名とlog₂倍変化およびp-valueを出力する任意のパイプライン）から表をコピーします。ボルケーノプロット作成ツールはTSVとCSVを受け付け、gene、log2fc、padj、fdrなどの一般的な列ヘッダーを自動検出します。
倍変化カットオフ（デフォルトは|log₂FC| > 1、つまり2倍変化）とp-valueカットオフ（デフォルトは0.05）を調整します。破線のしきい値線はリアルタイムで更新されるため、どの特徴量が基準を満たすかを正確に確認できます。
チャートはしきい値やデータを変更すると即座に描画されます。発現上昇した特徴量は赤、発現低下した特徴量は青、有意でないものは灰色で表示されます。作成ツールは有意性の高い上位遺伝子にラベルを付けます。ラベル数を調整すると、表示する名前を増やしたり減らしたりできます。
Download SVGをクリックすると、IllustratorまたはInkscapeで編集可能な可逆ベクターファイルを取得できます。Download PNGをクリックすると、ジャーナル投稿にそのまま使える2×解像度のラスターを取得できます。どちらの形式も、画面上で見た通りのレイアウトを正確に保持します。
DESeq2、limma、edgeR、または任意の差次的発現パイプラインの出力を貼り付けます。ボルケーノプロット作成ツールは、gene、log2FoldChange、padj、FDRなどの一般的な列名を認識して自動的にマッピングするため、データを再フォーマットする必要はありません。
有意性のカットオフ値をドラッグすると、ボルケーノプロットがリアルタイムで更新されます。ポイントは色分けされたカテゴリ間を即座に移動するため、解析パイプラインを再実行しなくても、さまざまな厳格度を試すことができます。
ボルケーノプロットとこの作成ツールについて研究者からよく寄せられる質問への回答。
ボルケーノプロットとMAプロットはどちらも差次的発現の結果を可視化しますが、データの異なる側面に焦点を当てています。伝えたい内容に最も合う形式を選択してください。
効果量と統計的有意性を1つのビューで組み合わせます。
平均発現量に対する倍率変化を示します。
データを貼り付け、しきい値を設定し、出版可能な図をダウンロード — すべてブラウザ上で完結します。
