Figwise

科学的配色パレット生成ツール

論文図表の配色は手探りで決めなくていい。定性・連続・発散の3種類の配色パレットにOkabe-Ito、viridis、cividis、ColorBrewerを内蔵し、それぞれ色覚異常シミュレーションを添えて投稿前に見え方を確認できる。

配色方式
#000000 0,0,0 #e69f00 230,159,0 #56b4e9 86,180,233 #009e73 0,158,115 #f0e442 240,228,66 #0072b2 0,114,178 #d55e00 213,94,0 #cc79a7 204,121,167 Original Deuteranopia Protanopia
01概要

定性・連続・発散、科学的配色パレットはどう使い分けるか

定性配色は、投与群や対照群、細胞株、種、実験条件のようにデータの各カテゴリに個別の色相を割り当てるもので、目的は大小や順序を示すことではなく「どのグループか」を一目で区別させることにある。良い定性配色は赤緑色覚異常のもとでも判別でき、グレースケール印刷でも潰れない。本ツールに内蔵したOkabe-Ito(色覚バリアフリーを目的に設計された配色)とColorBrewer Set2は、いずれも色覚異常シミュレーションで検証済みの2種類の定性配色である。

連続配色は発現量やp値、濃度、経過時間のような単一の順序尺度を、薄い色から濃い色への一続きのグラデーションで表す。ヒートマップや密度プロットなど、色が大小だけを表す図に向く。viridisとcividisは知覚的に均一な配色で、データが等間隔で変化すれば色の見え方の変化量も等しくなるため、グラデーションが急に変わる箇所を読者が見誤りにくい。ColorBrewer Bluesのような単色相の連続配色も、より単純な色段階で同じ役割を果たす。

発散配色は、フォールドチェンジのゼロ、対照群の基準値、無相関のように意味のある中心値を持つデータに向き、中心から両方向に伸びる。log2フォールドチェンジのヒートマップや相関行列、効果量プロットはいずれも発散配色が適しており、軸の数値を読み返さなくても色相だけで「基準値より上か下か」を判別できる。ColorBrewer RdBuは赤と青を両端に置き中間に中性色を挟む発散配色で、赤緑の組み合わせよりグレースケール印刷後も見分けやすい。

定性・連続・発散の3種類の配色パレット構造を比較した図
02使用例

内蔵プリセットの実際の出力

以下はすべて本ツールがデフォルト設定でそのまま生成したSVGであり、モックアップではない。

定性配色:グループ比較のためのOkabe-Ito

投与群や細胞株、種のラベルに使える8色の色覚バリアフリー配色。赤緑色覚異常のもとでも判別でき、白黒印刷でも見分けがつく。

連続配色:連続データを表すViridis

濃い紫から黄色への知覚的に均一なグラデーションを2〜12色で再サンプリングし、色が大小を表すヒートマップや密度プロットに適用する。

発散配色:中心値を挟むColorBrewer RdBu

赤から青へ、中間に中性色を挟む配色。フォールドチェンジのヒートマップや相関行列で、基準値より上か下かを一目で示せる。

色覚シミュレーションの並列比較

同じ配色を通常の色覚と赤緑色覚異常のシミュレーションで並べて表示し、投稿前に配色の衝突に気づける。

03特徴

この科学的配色パレット生成ツールでできること

定性・連続・発散を切り替える配色タイプセレクター
定性 · 連続 · 発散

1つのツールで3種類の配色ロジックを切り替え

定性・連続・発散をページを移動せずに切り替えられる。データの性質に合った種類を選んでから、それに合う配色パレットを組み立てる。

科学的配色パレットの色覚シミュレーション並列比較
赤緑色覚異常2種類

プレビューに色覚シミュレーションを標準搭載

男性のおよそ8人に1人が何らかの赤緑色覚異常を持つとされる。本ツールは選んだ配色に実際の赤緑色覚異常の変換を適用し、通常の見え方と並べて表示するので、査読者に指摘される前に自分で確認できる。

色数を2から12の範囲で調整するスライダー
2〜12色

色数を調整でき、色コードを推測しなくていい

スライダーで色数を2から12まで動かすと、各配色の基準となる色から再サンプリングされる。定性配色は固定の色相を循環し、連続・発散配色は基準点の間を補間するので、手作業でグラデーションを選ぶ必要がない。

各色見本の下にHEXとRGBを表示した書き出し用配色パレットSVG
SVG · PNG · HEX

描画ライブラリへそのまま書き出す

凡例用にラベル付きのSVGやPNGをダウンロードするか、色見本をクリックしてHEXコードをコピーし、matplotlibやggplot2、Prismに直接貼り付けられる。別途カラーピッカーを開く必要はない。

04比較

科学的な図表に虹色(jet)配色を使うべきでない理由

旧来の描画ソフトの既定色である虹色(jet)配色は、今も投稿論文の図表でよく見かけるが、よく知られた2つの点で問題がある。

虹色 / Jet配色

  • 知覚的に不均一——データが等間隔で変化しても見た目の明るさの変化幅は一定でなく、平坦な部分がピークに見えてしまうことがある。
  • 白黒印刷やコピーをすると似たようなグレーの帯に潰れ、読者が最も比較したい範囲がちょうど消えてしまう。
  • 赤と緑の区間が近く明度差も小さいため、赤緑色覚異常の読者には見分けにくい。

知覚的に均一で色覚に配慮した配色

  • 明度が単調に変化する——viridisやcividisは一方向にだけ明るくなるため、色相を読み解かなくても大小が正しく伝わる。
  • グレースケールでも判別できる——ColorBrewerやOkabe-Itoは白黒変換後の判読性まで検証して設計されている。
  • 代表的な色覚異常のタイプに対して検証済みで、デザイナー一人の目視だけに頼っていない。
05FAQ

配色を選ぶ前によくある質問

論文図表を準備する研究者からよく寄せられる質問。

06関連ツール

次の図の配色を、査読に耐えるものにする

配色タイプを選び、赤緑色覚異常のシミュレーションで確認したうえで、HEXコードをそのまま描画スクリプトにコピーする——配色の決定は数分で終わり、査読コメントを受けて作り直す必要もない。

配色パレットを作成する