耐性遺伝子、プロモーター、複製起点（ori）、挿入配列の位置を入力するだけで、数秒でpublication品質の環状プラスミドマップが得られます。各フィーチャーには方向矢印が付き、重なる注釈は自動でトラック分けされるので密な構築物でも文字が潰れません。このplasmid map makerは完全にブラウザ内で動作し、配列データはどこにも送信されません。
以下の4枚は、上のジェネレーターがそのまま出力したものです。手作業での修正は一切していません。
耐性遺伝子とそのプロモーターが複製起点のすぐ隣に並ぶ、クローニングベクターの定番構成です。このプラスミドマップ作成ツールはフィーチャータイプごとに配色を統一するので、凡例を探さずにリングを一目で読み解けます。
目的遺伝子が0番地をまたいでクローニングされていても、このplasmid diagramは大回りの逆向き弧にはなりません。原点をまたぐ短い連続弧として描かれ、環状分子上での実際のつながり方と一致します。
マルチクローニングサイト（MCS）周辺のカット部位は外側の短い目盛りと酵素名で表示され、フィーチャーリングとは分離されます。コンパクトなマップでも消化計画がそのまま読み取れます。
2つのアフィニティタグとリンカーが密集していても、自動的に別トラックへ振り分けられ外側に段積みされるため、ラベルが重なりません。融合コンストラクトではほぼ必ず起きる密な注釈の典型例です。
クローニングでは挿入配列が0番地/全長の境界をまたぐことが日常的に起こります。多くのツールは2つのフィーチャーに分割させるか、最悪の場合プラスミド全体を大回りする逆向き弧を描いてしまいます。このplasmid map makerはフィーチャーのスパンから直接スイープ角を計算するため、開始位置が終了位置より大きい場合は常に原点をまたぐ短い弧1本として描画されます。
プロモーターと耐性遺伝子は反対鎖にあることが多く、CDSを逆向きに読むと全く別の産物になります。このplasmid map generatorのすべてのフィーチャー弧には正方向・逆方向を示す矢印が付き、マップ全体を時計回りと反時計回りで切り替えることもできます。
カット部位はフィーチャーではありません。同じリングに混ぜるとプラスミドマップはすぐに読みづらくなります。制限酵素のカット部位は専用の外側目盛りリングに酵素名付きで表示されるため、MCS周辺のフィーチャーが密集していても消化計画は明瞭なままです。
実際のコンストラクトでは、数百bpの中にプロモーター・タグ・ターミネーターが詰め込まれます。このプラスミドマップ作成ツールは重なる注釈を自動的に別トラックへ割り当て、ラベルを外側へ段階的にずらすので、密なマルチタグコンストラクトでも衝突しません。
配列ファイルのフィーチャーテーブルから書き出し可能な環状マップまで、4ステップで完了します。
まず全長（bp）を入力し、次に名前・開始・終了・タイプ・任意の方向を1行ずつ追加します。配列ファイルのフィーチャーテーブルやアノテーションソフトからそのまま転記できます。
開始位置が終了位置より大きい場合、このplasmid map makerはそのフィーチャーを原点をまたぐものとして扱い、1本の連続弧として描画します。0番地をまたぐからといって2行に分割する必要はありません。
酵素名と位置のペアでカット部位を追加し、ラボやアノテーションツールの慣習に合わせて時計回り・反時計回りの番号方向を選びます。
編集可能な図として使うならSVG、実験ノートやスライドに貼るならPNGで書き出せます。どちらもプレビューと同じレンダリング結果です。
プラスミドマップは、プラスミド配列を環状の図にして各機能要素の相対位置を示すものであり、単なる塩基長の数字ではありません。論文やラボノートでは、宿主内で増殖するための複製起点、選択に使う耐性遺伝子、目的遺伝子を駆動するプロモーター、その両脇のタグやターミネーターまで、コンストラクトの構成を一目で伝えるために使われます。
方向は位置と同じくらい重要です。2つのフィーチャーが同じ座標にあっても、どちらの鎖から読まれるかによって生物学的には全く別のコンストラクトになり得ます——プロモーターが時計回りか反時計回りかで、実際に駆動できる対象が変わります。矢印のないプラスミドダイアグラムは装飾を欠いているのではなく、読み手に必要な情報を欠いています。
制限酵素部位は有用ですが、フィーチャーリストそのものとは別の付随情報です——配列の機能ではなく、どこで切断されるかを示すものだからです。フィーチャーとカット部位を別リングに分けたマップは、耐性遺伝子がMCSのすぐそばに詰まり、タグが密集したコンストラクトであっても、消化計画として読み続けられます。
環状プラスミドマップの作成・読み方に関するよくある質問。
上のフォームにフィーチャーリストを貼り付ければ、数秒でpublication品質のベクター図を書き出せます。無料・登録不要・AIクレジット消費なし。
