Collez une matrice de distances ou une liste de hauteurs de fusion, choisissez une méthode de liaison, et ce créateur de dendrogramme regroupe vos données en direct et dessine un arbre à l'échelle avec un axe de distance — prêt à exporter en SVG ou PNG.
Un axe de distance et une ligne de coupe font tout le travail ici — ces quatre dendrogrammes, créés avec cet outil, montrent comment l'ordre de fusion devient un nombre de clusters justifiable.
Cinq gènes regroupés selon la distance de leur profil d'expression sous liaison moyenne, avec une ligne de coupe à la hauteur 3,0 marquant où les données se scindent en deux groupes.
Un dendrogramme d'analyse marketing construit à partir d'une matrice de distances par paires, montrant comment la liaison simple enchaîne les clients à de faibles distances avant les fusions plus larges.
Un dendrogramme de fouille de texte regroupant des documents selon la similarité de distance cosinus sous liaison complète, utile pour repérer des clusters thématiques avant une relecture manuelle.
Un dendrogramme d'écologie regroupant des échantillons de microbiote selon la distance de composition des communautés, avec un axe à l'échelle des mêmes unités que la métrique de distance sous-jacente.
Collez une matrice de distances par paires au format CSV et le créateur de dendrogramme exécute directement un clustering hiérarchique agglomératif dessus — aucun notebook, aucune installation de package. Chaque hauteur de fusion du dendrogramme résultant est calculée à partir de vos données, pas estimée.
La méthode de liaison change où les fusions se produisent et à quel point les clusters obtenus sont compacts — la liaison moyenne équilibre les deux, la liaison simple tend à enchaîner les points proches, la liaison complète favorise des clusters serrés et de taille homogène. Changez de méthode sur la même matrice pour voir comment le dendrogramme évolue avant de vous décider.
Placez une ligne de coupe horizontale à n'importe quel seuil de distance et le créateur de dendrogramme compte et indique combien de clusters cette coupe produit — la façon standard de défendre un nombre de groupes choisi plutôt que d'en fixer un arbitrairement.
Contrairement à un cladogramme, la hauteur des branches d'un dendrogramme est une donnée réelle — c'est la distance ou la dissimilarité à laquelle deux clusters ont fusionné. Le créateur de dendrogramme dessine un axe étiqueté dans les mêmes unités que votre saisie, si bien que la position verticale de chaque jonction est réellement mesurable.
Quatre étapes pour passer de distances brutes à un dendrogramme à l'échelle et exportable.
Collez une matrice de distances par paires au format CSV (cellule en haut à gauche vide, étiquettes sur la première ligne et la première colonne), ou collez des données de hauteur de fusion déjà calculées si votre clustering a déjà été fait ailleurs.
Pour un regroupement à partir d'une matrice, choisissez la liaison moyenne, simple ou complète. Ce choix change l'ordre et les hauteurs de fusion obtenus, donc retenez celui qui correspond à votre analyse, pas la valeur par défaut.
Activez la ligne de coupe et fixez un seuil de distance ; le créateur de dendrogramme indique combien de clusters existent à cette hauteur, un réglage que vous pouvez ajuster jusqu'à ce que le regroupement corresponde à vos données.
Téléchargez un SVG pour une figure vectorielle réétiquetable pour un article ou une présentation, ou un PNG en 2× pour un rapport.
Un dendrogramme est un diagramme arborescent qui enregistre l'ordre et la hauteur auxquels des éléments ont été fusionnés lors d'un clustering hiérarchique. Contrairement à un cladogramme, où la longueur des branches n'a aucune signification, la hauteur des branches d'un dendrogramme est une donnée réelle : c'est la valeur de distance ou de dissimilarité à laquelle deux clusters ont été joints, lisible directement sur un axe étiqueté.
Deux choix déterminent ce qu'un dendrogramme montre réellement. Le premier est la métrique de distance — la distance euclidienne, la distance de corrélation, la distance cosinus et d'autres définissent chacune la « similarité » différemment, si bien que les mêmes données brutes peuvent produire des hauteurs de fusion différentes selon celle choisie. Le second est la méthode de liaison : la liaison moyenne fusionne les clusters selon la distance moyenne par paires, la liaison simple fusionne selon la paire la plus proche (ce qui peut enchaîner des points distants via des intermédiaires), et la liaison complète fusionne selon la paire la plus éloignée (ce qui favorise des clusters serrés et compacts). Changer la métrique ou la méthode de liaison peut changer les groupes qui semblent naturels dans le dendrogramme obtenu, donc les deux choix ont leur place dans votre section méthodes, pas seulement dans les valeurs par défaut du logiciel.
Une fois le dendrogramme construit, une ligne de coupe horizontale à un seuil de distance choisi transforme la structure de fusion continue en un nombre discret de clusters — couper plus bas donne plus de clusters, plus petits ; couper plus haut en donne moins, plus larges. C'est la façon standard dont les chercheurs justifient un nombre de clusters précis issu d'une analyse de clusters, plutôt que d'en affirmer un sans preuve.
Questions courantes sur les dendrogrammes, les méthodes de liaison et la façon d'en construire un avec cet outil.
Collez une matrice de distances ou des hauteurs de fusion et téléchargez un dendrogramme à l'échelle, prêt pour un article, un poster ou un rapport.