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Créer un Arbre Phylogénétique

Collez une chaîne Newick ou saisissez une liste d'espèces. Cet outil pour créer un arbre phylogénétique en ligne dessine un phylogramme rectangulaire exportable en SVG ou PNG — prêt pour les revues, les présentations et les travaux universitaires.

Collez une chaîne Newick ou saisissez des noms d'espèces pour prévisualiser votre arbre phylogénétique
01FONCTIONNALITÉS

Deux façons de créer un arbre phylogénétique

Champ de saisie du format Newick dans le générateur d'arbre phylogénétique avec aperçu
NEWICK

Collez une notation Newick standard

Cet outil pour créer un arbre phylogénétique lit le format Newick standard — avec ou sans longueurs de branches, noms de nœuds internes et étiquettes entre guillemets. Collez la sortie de MEGA, RAxML, IQ-TREE ou de tout pipeline de phylogénétique et voyez l'arbre s'afficher instantanément. Pas d'import de fichier, pas de conversion de format : une zone de texte, un résultat.

Mode de saisie par liste d'espèces générant un arbre phylogénétique équilibré
LISTE D'ESPÈCES

Construisez un arbre phylogénétique à partir d'une simple liste d'espèces

Un arbre ne part pas toujours d'un alignement de séquences multiples. Passez au mode liste d'espèces, saisissez ou collez un taxon par ligne, et l'outil construit automatiquement un cladogramme équilibré. Utile pour le matériel pédagogique, les aperçus de classification et les ébauches visuelles rapides avant une analyse formelle.

02EXEMPLES

Exemples d'arbre phylogénétique dans différents domaines biologiques

Quatre arbres produits par le même outil, chacun représentant une échelle du vivant différente — des espèces de primates aux souches bactériennes.

Cladogramme d'espèces de primates

Dix espèces de primates organisées en phylogramme rectangulaire avec des longueurs de branches proportionnelles aux estimations de divergence moléculaire. Les grands singes se regroupent comme attendu, avec les singes du Nouveau Monde comme groupe externe.

Phylogénie de variants viraux

Un arbre phylogénétique compact de variants d'un virus respiratoire, construit à partir d'une chaîne Newick exportée par Nextstrain. Les branches courtes reflètent le taux de mutation rapide typique des virus à ARN.

Classification des familles d'angiospermes

Les principales familles de plantes à fleurs organisées en cladogramme via le mode de saisie par liste d'espèces. Pas de longueurs de branches — purement topologique, adapté à un support de cours de botanique.

Arbre phylogénétique bactérien à partir de l'ARNr 16S

Un arbre phylogénétique d'isolats bactériens environnementaux construit à partir de séquences du gène de l'ARNr 16S. Les longueurs de branches correspondent aux substitutions nucléotidiques par site, avec une échelle de référence.

03QU'EST-CE QUE C'EST

Qu'est-ce qu'un arbre phylogénétique ?

Un arbre phylogénétique est un diagramme en branches qui représente les relations évolutives entre entités biologiques — espèces, gènes ou populations. Chaque bifurcation représente un ancêtre commun, et le schéma de ramification reflète des hypothèses sur la manière dont les lignées ont divergé au fil du temps. Les arbres phylogénétiques sont centraux en biologie comparée, en épidémiologie et en planification de la conservation.

Les arbres sont généralement inférés à partir de données moléculaires (séquences d'ADN, d'ARN ou de protéines) selon des méthodes comme le maximum de vraisemblance, l'inférence bayésienne ou le neighbor-joining. Le résultat est habituellement stocké au format Newick — une notation textuelle à parenthèses imbriquées qui code la topologie et, en option, des longueurs de branches proportionnelles à la distance évolutive.

Un outil de création d'arbre phylogénétique prend cette chaîne Newick et la transforme en diagramme prêt pour la publication ou l'enseignement. Cet outil dessine des phylogrammes rectangulaires — la mise en page la plus courante dans la littérature évaluée par les pairs — avec des annotations optionnelles de longueurs de branches et une échelle.

Croquis d'un arbre phylogénétique montrant des relations évolutives ramifiées
04COMPARAISON

Arbre phylogénétique vs cladogramme

Les deux montrent des relations évolutives, mais un arbre phylogénétique et un cladogramme diffèrent sur ce que représentent les longueurs de branches — et sur le moment d'utiliser l'un ou l'autre.

Arbre phylogénétique (phylogramme)

Longueurs de branches proportionnelles à la distance évolutive

  • Les longueurs de branches codent des substitutions par site ou un temps de divergence
  • Inclut une échelle pour une comparaison quantitative
  • Résultat standard des méthodes ML, bayésiennes et basées sur les distances
  • Privilégié dans les articles de phylogénétique moléculaire et de génomique
  • Nécessite des données de séquences et un alignement

Cladogramme

Longueurs de branches uniformes — topologie seule

  • Toutes les branches sont dessinées de même longueur, quelle que soit la distance
  • Se concentre uniquement sur l'ordre des événements de ramification
  • Souvent utilisé dans les analyses basées sur la morphologie ou la parcimonie
  • Fréquent dans le matériel pédagogique et les manuels scolaires
  • Peut être construit à partir d'une liste d'espèces sans données moléculaires
05FONCTIONNEMENT

Comment créer un arbre phylogénétique avec cet outil

Quatre étapes des données brutes à une figure finalisée — aucune installation logicielle requise.

  1. 01

    Collez votre arbre Newick ou saisissez des noms d'espèces

    Copiez la chaîne Newick depuis votre logiciel de phylogénétique (MEGA, RAxML, IQ-TREE, MrBayes) et collez-la dans la zone de texte. Pour un cladogramme rapide, passez au mode liste d'espèces et saisissez un taxon par ligne.

  2. 02

    Ajustez les paramètres d'affichage

    Activez ou désactivez les étiquettes de longueurs de branches, et réglez la taille de police des noms de feuilles. L'aperçu se met à jour en temps réel pour expérimenter sans avoir à réexporter.

  3. 03

    Prévisualisez l'arbre phylogénétique

    Le phylogramme rectangulaire apparaît à droite du panneau de saisie. Faites défiler si l'arbre comporte de nombreux taxons. Ce que vous voyez correspond exactement à ce que contiendra l'export — sans surprise.

  4. 04

    Exportez en SVG ou PNG

    Cliquez sur Télécharger SVG pour un fichier vectoriel modifiable dans Illustrator ou Inkscape. Cliquez sur Télécharger PNG pour une image raster en résolution 2×, prête pour des diapositives, posters ou documents supplémentaires.

06FAQ

Arbre phylogénétique — Questions fréquentes

Questions courantes sur les arbres phylogénétiques et sur la façon de les créer avec cet outil.

07OUTILS LIÉS

Votre arbre phylogénétique, prêt en quelques secondes

Collez une chaîne Newick ou saisissez une liste d'espèces, ajustez l'affichage, et téléchargez un arbre phylogénétique prêt pour la publication — sans installation, sans inscription.

Créer un arbre phylogénétique