Collez une liste d'éléments et obtenez instantanément un diagramme de plasmide circulaire de style publication — marqueur de résistance, promoteur, origine de réplication et insert, chacun dessiné avec une flèche de direction et empilés pour que les annotations qui se chevauchent restent lisibles. Ce créateur de carte de plasmide fonctionne entièrement côté client : rien de ce que vous saisissez ne quitte le navigateur.
Quatre listes d'éléments, quatre résultats. Chaque carte vectorielle ci-dessous a été produite par le même générateur que celui utilisé ci-dessus — sans retouche, sans redessin manuel.
Un marqueur de résistance et son promoteur se trouvent à côté de l'origine de réplication, l'agencement que partagent la plupart des vecteurs de clonage. Le créateur de carte de plasmide colore chaque type d'élément de façon cohérente, pour qu'un relecteur puisse parcourir l'anneau et comprendre ce qu'il regarde sans chercher de légende.
Un gène d'intérêt cloné à travers la position 0 ne devient pas un long arc inversé dans ce diagramme de plasmide — il est dessiné comme un arc court et continu à travers l'origine, conformément à la façon dont la séquence s'enroule réellement sur la molécule circulaire.
Les sites de coupure d'un site de clonage multiple sont ajoutés comme de courts repères externes avec des étiquettes d'enzymes, séparés de l'anneau d'éléments, pour qu'un plan de digestion reste lisible même sur une carte de plasmide compacte.
Deux étiquettes d'affinité et un lieur regroupés se répartissent automatiquement sur des pistes séparées, gardant chaque étiquette lisible — le type d'annotation dense qu'exige presque toujours une construction de fusion.
Le clonage place régulièrement un insert à cheval sur la position 0/longueur. La plupart des outils vous forcent à le scinder en deux éléments ou, pire, dessinent silencieusement un long arc inversé sur tout le plasmide. Ce créateur de carte de plasmide calcule directement l'arc à partir de l'étendue de l'élément, si bien qu'un début supérieur à la fin se dessine toujours comme un arc court à travers l'origine.
Un promoteur et un marqueur de résistance se trouvent souvent sur des brins opposés, et une séquence codante lue à l'envers est une molécule différente pour un relecteur. Chaque arc d'élément dans ce générateur de carte vectorielle porte une pointe de flèche indiquant l'orientation sens ou antisens, et vous pouvez basculer toute la carte entre numérotation horaire et antihoraire.
Les sites de coupure ne sont pas des éléments — les mélanger dans le même anneau encombre vite un diagramme de plasmide. Les sites de coupure d'enzymes s'affichent sur leur propre anneau externe de repères avec étiquettes, pour qu'un plan de digestion pour un site de clonage multiple reste lisible à côté des éléments annotés.
Les constructions réelles regroupent un promoteur, une étiquette et un terminateur en quelques centaines de paires de bases. Ce créateur de carte de plasmide affecte automatiquement les annotations qui se chevauchent à des pistes séparées, en décalant les étiquettes vers l'extérieur pour que rien ne se superpose, même dans une construction dense à plusieurs étiquettes.
Quatre étapes, de la table des éléments d'un fichier de séquence à une carte circulaire exportable.
Saisissez la longueur totale en paires de bases, puis ajoutez une ligne par élément : nom, début, fin, type et une direction optionnelle. Récupérez-les directement dans la table des éléments de votre fichier de séquence ou votre logiciel d'annotation.
Si le début d'un élément est supérieur à sa fin, ce créateur de carte de plasmide le traite comme chevauchant l'origine et dessine un arc continu — inutile de scinder un insert en deux lignes simplement parce qu'il traverse la position 0.
Ajoutez les sites de coupure sous forme de paires nom d'enzyme et position, et choisissez la numérotation horaire ou antihoraire pour correspondre à l'orientation utilisée par votre laboratoire ou votre outil d'annotation.
Téléchargez le diagramme de plasmide final en SVG pour une figure encore modifiable, ou en PNG pour un cahier de laboratoire ou une diapositive — les deux proviennent directement du même rendu affiché dans l'aperçu.
Une carte de plasmide est un diagramme circulaire de la séquence d'un plasmide qui montre où se situe chaque élément fonctionnel par rapport aux autres — pas seulement une longueur en paires de bases. Les articles et cahiers de laboratoire l'utilisent pour communiquer, d'un coup d'œil, de quoi est constituée une construction : une origine de réplication permettant au plasmide de se propager dans un hôte, un marqueur de résistance pour la sélection, un promoteur pilotant le gène d'intérêt, et les éventuelles étiquettes ou terminateurs qui l'entourent.
La direction compte autant que la position. Deux éléments peuvent occuper les mêmes coordonnées sur l'ADN et rester des constructions biologiquement différentes selon le brin sur lequel chacun est lu — un promoteur pilotant la transcription dans le sens horaire ou antihoraire change ce qu'il peut réellement piloter. Un diagramme de plasmide qui omet les flèches manque d'une information nécessaire au lecteur, pas simplement d'une fioriture stylistique.
Les sites de restriction sont un contexte utile mais optionnel, distinct de la liste d'éléments elle-même : ils décrivent où une digestion couperait, pas ce que fait la séquence. Une carte qui sépare les deux — éléments sur un anneau, sites de coupure sur un autre — reste lisible comme plan de digestion même quand la construction elle-même est dense, avec des étiquettes et un marqueur de résistance regroupés près du site de clonage multiple (MCS).
Questions courantes sur le dessin et la lecture des diagrammes de plasmide circulaires.
Collez votre liste d'éléments ci-dessus et exportez une carte vectorielle prête pour la publication en quelques secondes — gratuit, sans compte, sans crédits IA.