Fügen Sie eine Distanzmatrix oder eine Liste von Fusionshöhen ein, wählen Sie eine Linkage-Methode, und dieses Tool clustert live und zeichnet einen skalierten Baum mit Distanzachse — bereit zum Export als SVG oder PNG.
Eine Distanzachse und eine Schnittlinie leisten hier die eigentliche Arbeit — diese vier Dendrogramme, erstellt mit diesem Tool, zeigen, wie aus der Fusionsreihenfolge eine begründbare Clusteranzahl wird.
Fünf Gene, geclustert nach Expressionsprofil-Distanz unter Average-Linkage, mit einer Schnittlinie bei Höhe 3,0, die die Aufteilung in zwei Gruppen markiert.
Ein Marketing-Analytics-Dendrogramm aus einer paarweisen Distanzmatrix, das zeigt, wie Single-Linkage Kunden bei geringen Distanzen aneinanderreiht, bevor größere Fusionen erfolgen.
Ein Text-Mining-Dendrogramm, das Dokumente nach Kosinus-Distanz-Ähnlichkeit unter Complete-Linkage clustert — nützlich, um Themencluster vor der manuellen Prüfung zu erkennen.
Ein Ökologie-Dendrogramm, das Mikrobiom-Proben nach Distanz der Gemeinschaftszusammensetzung gruppiert, mit einer Achse in denselben Einheiten wie die zugrunde liegende Distanzmetrik.
Fügen Sie eine paarweise Distanzmatrix als CSV ein, und das Tool führt direkt eine agglomerative hierarchische Clusteranalyse durch — kein Notebook, keine Paketinstallation. Jede Fusionshöhe im entstehenden Dendrogramm wird aus Ihren Daten berechnet, nicht geschätzt.
Die Linkage-Methode bestimmt, wo Fusionen stattfinden und wie kompakt die entstehenden Cluster wirken — Average-Linkage bildet den Ausgleich, Single-Linkage neigt dazu, nahe Punkte aneinanderzureihen, Complete-Linkage begünstigt enge, gleichmäßig große Cluster. Wechseln Sie bei derselben Matrix die Methode, um zu sehen, wie sich das Ergebnis verschiebt, bevor Sie sich festlegen.
Setzen Sie eine horizontale Schnittlinie bei einem beliebigen Distanz-Schwellenwert, und das Tool zählt und meldet, wie viele Cluster dieser Schnitt ergibt — der übliche Weg, eine gewählte Gruppenanzahl zu begründen, statt sie willkürlich festzulegen.
Anders als bei einem Kladogramm ist die Zweighöhe eines Dendrogramms tatsächlich Daten — sie entspricht der Distanz oder Unähnlichkeit, bei der zwei Cluster fusioniert sind. Das Tool zeichnet eine beschriftete Achse in denselben Einheiten wie Ihre Eingabedaten, sodass die vertikale Position jeder Verbindung messbar bleibt.
Vier Schritte von rohen Distanzen zu einem skalierten, exportierbaren Dendrogramm.
Fügen Sie eine paarweise Distanzmatrix als CSV ein (leere Zelle oben links, Beschriftungen in erster Zeile und Spalte), oder fügen Sie vorberechnete Fusionshöhen-Daten ein, falls die Clusteranalyse bereits andernorts gelaufen ist.
Beim Clustern aus einer Matrix wählen Sie Average-, Single- oder Complete-Linkage. Diese Wahl verändert Fusionsreihenfolge und -höhen, wählen Sie also die Methode, die zu Ihrer Analyse passt, nicht die Voreinstellung.
Aktivieren Sie die Schnittlinie und legen Sie einen Distanz-Schwellenwert fest; das Tool meldet, wie viele Cluster bei dieser Höhe bestehen, und Sie können anpassen, bis die Gruppierung zu Ihren Daten passt.
Laden Sie eine SVG-Vektorgrafik herunter, die Sie für ein Paper oder eine Präsentation neu beschriften können, oder ein 2×-PNG für einen Bericht.
Ein Dendrogramm ist ein Baumdiagramm, das Reihenfolge und Höhe festhält, mit der Elemente während einer hierarchischen Clusteranalyse fusioniert wurden. Anders als bei einem Kladogramm, wo die Zweiglänge keine Bedeutung trägt, sind die Zweighöhen eines Dendrogramms reale Daten: Sie entsprechen dem Distanz- oder Unähnlichkeitswert, bei dem zwei Cluster zusammengeführt wurden, direkt an einer beschrifteten Achse ablesbar.
Zwei Entscheidungen bestimmen, was ein Dendrogramm tatsächlich zeigt. Die erste ist die Distanzmetrik — euklidische Distanz, Korrelationsdistanz, Kosinus-Distanz und andere definieren „ähnlich“ jeweils unterschiedlich, sodass dieselben Rohdaten je nach Wahl unterschiedliche Fusionshöhen ergeben können. Die zweite ist die Linkage-Methode: Average-Linkage fusioniert Cluster nach mittlerer paarweiser Distanz, Single-Linkage nach dem nächstgelegenen Paar (was entfernte Punkte über Zwischenglieder aneinanderreihen kann), und Complete-Linkage nach dem am weitesten entfernten Paar (was enge, kompakte Cluster begünstigt). Eine Änderung der Metrik oder der Linkage-Methode kann verändern, welche Gruppen im entstehenden Dendrogramm natürlich wirken — beide Entscheidungen gehören daher in den Methodenteil und nicht nur in die Software-Voreinstellungen.
Sobald ein Dendrogramm erstellt ist, verwandelt eine horizontale Schnittlinie bei einem gewählten Distanz-Schwellenwert die kontinuierliche Fusionsstruktur in eine diskrete Clusteranzahl — tiefer geschnitten ergibt mehr, kleinere Cluster, höher geschnitten weniger, größere. Das ist der übliche Weg, mit dem Forschende eine bestimmte Clusteranzahl aus der Clusteranalyse begründen, statt sie ohne Beleg zu behaupten.
Häufige Fragen zu Dendrogrammen, Linkage-Methoden und zur Erstellung mit diesem Tool.
Fügen Sie eine Distanzmatrix oder Fusionshöhen ein und laden Sie ein skaliertes Dendrogramm herunter, bereit für Paper, Poster oder Bericht.