거리 행렬이나 병합 높이 목록을 붙여넣고 연결법을 선택하면 이 덴드로그램 생성기가 즉시 군집화를 수행하고 거리 축이 있는 트리를 그려줍니다. SVG나 PNG로 내보낼 수 있습니다.
핵심은 거리 축과 절단선이다—이 덴드로그램 생성기로 만든 네 가지 예시가 병합 순서를 근거 있는 군집 수로 바꾸는 과정을 보여줍니다.
다섯 개 유전자를 평균 연결법으로 발현 프로파일 거리에 따라 군집화하고, 높이 3.0에 절단선을 두어 데이터가 두 그룹으로 나뉘는 지점을 표시했습니다.
쌍별 거리 행렬로 만든 마케팅 분석용 덴드로그램으로, 단일 연결법이 가까운 거리의 고객을 사슬처럼 먼저 이은 뒤 더 큰 병합을 진행하는 모습을 보여줍니다.
코사인 거리 유사도를 완전 연결법으로 군집화한 텍스트 마이닝용 덴드로그램으로, 수동 검토 전에 주제 군집을 찾는 데 유용합니다.
군집 구성 거리에 따라 미생물군집 샘플을 묶은 생태학 덴드로그램으로, 축은 원래 거리 지표와 같은 단위로 맞춰져 있습니다.
CSV 형식의 쌍별 거리 행렬을 붙여넣으면 덴드로그램 생성기가 곧바로 응집형 계층적 군집화를 수행합니다——노트북 환경도 패키지 설치도 필요 없습니다. 결과 덴드로그램의 모든 병합 높이는 추정값이 아니라 실제 데이터로 계산됩니다.
연결법(linkage method)은 병합이 일어나는 지점과 결과 군집의 모양을 좌우합니다——평균 연결법은 두 극단의 균형을 잡고, 단일 연결법은 가까운 점을 사슬처럼 잇는 경향이 있으며, 완전 연결법은 크기가 고른 밀집 군집을 선호합니다. 같은 행렬에서 연결법을 바꿔가며 덴드로그램 생성기의 결과가 어떻게 달라지는지 확인한 뒤 선택할 수 있습니다.
임의의 거리 임계값에 수평 절단선을 놓으면 덴드로그램 생성기가 그 지점에서 나오는 군집 수를 계산해 보여줍니다——임의로 숫자를 정하는 대신 선택한 군집 수를 뒷받침하는 표준적인 방법입니다.
분기도와 달리 덴드로그램의 가지 높이는 데이터 그 자체입니다——두 군집이 병합될 때의 거리나 비유사도를 나타냅니다. 덴드로그램 생성기는 입력 데이터와 같은 단위로 눈금이 매겨진 축을 그려주므로 모든 병합의 세로 위치를 실제로 측정할 수 있습니다.
원시 거리 데이터에서 눈금이 있는 내보낼 수 있는 덴드로그램까지 4단계입니다.
CSV 형식의 쌍별 거리 행렬(왼쪽 위 칸은 비워두고 첫 행과 첫 열에 라벨)을 붙여넣거나, 이미 다른 곳에서 군집화가 끝난 병합 높이 데이터를 붙여넣으세요.
행렬로부터 군집화할 때는 평균·단일·완전 연결법 중 하나를 선택하세요. 이 선택에 따라 결과 병합 순서와 높이가 달라지므로 기본값이 아니라 분석 목적에 맞는 방법을 고르세요.
절단선을 켜고 거리 임계값을 설정하면 덴드로그램 생성기가 그 높이에서의 군집 수를 표시합니다. 데이터에 맞는 분류가 나올 때까지 값을 조정할 수 있습니다.
논문이나 슬라이드용으로 라벨을 다시 편집할 수 있는 벡터 SVG나, 보고서용 2배 해상도 PNG를 다운로드하세요.
덴드로그램은 계층적 군집화 과정에서 항목들이 병합된 순서와 높이를 기록하는 트리 도표입니다. 가지 길이가 아무 의미도 없는 분기도와 달리, 덴드로그램의 가지 높이는 실제 데이터입니다——두 군집이 합쳐질 때의 거리나 비유사도 값이며, 눈금이 매겨진 축에서 직접 읽어낼 수 있습니다.
덴드로그램이 실제로 무엇을 보여주는지는 두 가지 선택으로 결정됩니다. 첫째는 거리 지표입니다——유클리드 거리, 상관 거리, 코사인 거리 등은 '유사함'을 저마다 다르게 정의하므로, 같은 원본 데이터라도 어떤 지표를 쓰느냐에 따라 병합 높이가 달라질 수 있습니다. 둘째는 연결법입니다——평균 연결법은 군집 간 평균 쌍별 거리로 병합하고, 단일 연결법은 가장 가까운 쌍을 기준으로 병합하며(중간점을 거쳐 멀리 떨어진 점들을 사슬처럼 이을 수 있음), 완전 연결법은 가장 먼 쌍을 기준으로 병합합니다(조밀하고 크기가 고른 군집을 선호). 지표나 연결법 중 하나만 바꿔도 결과 덴드로그램에서 어떤 그룹이 자연스러워 보이는지가 달라질 수 있으므로, 두 선택 모두 소프트웨어 기본값이 아니라 논문의 방법 항목에 명시해야 합니다.
덴드로그램이 완성되면 선택한 거리 임계값에 수평 절단선을 그어 연속적인 병합 구조를 이산적인 군집 수로 바꿀 수 있습니다——더 낮게 자르면 더 많고 작은 군집이, 더 높게 자르면 더 적고 넓은 군집이 나옵니다. 이는 근거 없이 숫자를 주장하는 대신 군집 분석에서 특정 군집 수를 뒷받침하는 표준적인 방법입니다.
덴드로그램, 연결법, 이 도구로 만드는 방법에 대한 자주 묻는 질문입니다.
거리 행렬이나 병합 높이를 붙여넣고 논문, 포스터, 보고서에 쓸 눈금이 있는 덴드로그램을 다운로드하세요.
