Fügen Sie eine Feature-Liste ein und erhalten Sie sofort ein kreisförmiges Plasmiddiagramm im Publikationsstil zurück – Resistenzmarker, Promotor, Ori und Insert, jeweils mit Richtungspfeil gezeichnet und so gestapelt, dass überlappende Anmerkungen lesbar bleiben. Dieses Tool läuft vollständig clientseitig: Nichts, was Sie eingeben, verlässt jemals den Browser.
Vier Feature-Listen, vier Ergebnisse. Jede Vektorkarte unten wurde mit demselben Tool erzeugt, das Sie oben verwenden können – keine Nachbearbeitung, kein manuelles Nachzeichnen.
Ein Resistenzmarker und sein Promotor liegen neben dem Replikationsursprung – das Layout, das sich die meisten Klonierungsvektoren teilen. Dieses Tool färbt jeden Feature-Typ konsistent ein, sodass ein Gutachter den Ring überblicken und sofort erkennen kann, was er sieht, ohne in der Legende suchen zu müssen.
Ein Zielgen, das über Position 0 hinweg kloniert wurde, wird in diesem Plasmiddiagramm nicht zu einem langen, umgekehrten Bogen – es wird als ein kurzer, durchgehender Bogen durch den Ursprung gezeichnet, so wie die Sequenz auf dem zirkulären Molekül tatsächlich verläuft.
Schnittstellen einer Multiple Cloning Site werden als kurze äußere Markierungen mit Enzymbeschriftung hinzugefügt, getrennt vom Feature-Ring, damit ein Verdauplan auch auf einer kompakten Plasmidkarte lesbar bleibt.
Zwei Affinitäts-Tags und ein Linker, die eng beieinanderliegen, werden automatisch auf separate Ebenen gestapelt, sodass jede Beschriftung lesbar bleibt – genau die dichte Annotation, die ein Fusionskonstrukt fast immer braucht.
Klonierung platziert ein Insert routinemäßig über Position 0/Länge hinweg. Die meisten Tools zwingen Sie, es in zwei Features aufzuteilen, oder zeichnen schlimmstenfalls stillschweigend einen langen, umgekehrten Bogen über das gesamte Plasmid. Dieses Tool berechnet den Bogen direkt aus der Spanne des Features, sodass ein Start größer als das Ende immer als ein kurzer Bogen durch den Ursprung dargestellt wird.
Ein Promotor und ein Resistenzmarker liegen oft auf gegenüberliegenden Strängen, und eine rückwärts gelesene codierende Sequenz ist für einen Gutachter ein anderes Molekül. Jeder Feature-Bogen in diesem Tool trägt eine Pfeilspitze, die die Vorwärts- oder Rückwärtsorientierung zeigt, und Sie können die gesamte Karte zwischen Zählung im und gegen den Uhrzeigersinn umschalten.
Schnittstellen sind keine Features – mischt man sie in denselben Ring, wird ein Plasmiddiagramm schnell unübersichtlich. Enzym-Schnittstellen erscheinen auf einem eigenen äußeren Markierungsring mit Beschriftung, sodass ein Verdauplan für eine Multiple Cloning Site neben den annotierten Features lesbar bleibt.
Reale Konstrukte packen einen Promotor, ein Tag und einen Terminator in wenige hundert Basenpaare. Dieses Tool weist überlappende Anmerkungen automatisch separaten Ebenen zu und schiebt Beschriftungen nach außen, damit selbst in einem dichten Multi-Tag-Konstrukt nichts kollidiert.
Vier Schritte von der Feature-Tabelle einer Sequenzdatei zu einer exportierbaren kreisförmigen Karte.
Geben Sie die Gesamtlänge in Basenpaaren ein und fügen Sie dann eine Zeile pro Feature hinzu: Name, Start, Ende, Typ und optional die Richtung. Übernehmen Sie diese direkt aus der Feature-Tabelle Ihrer Sequenzdatei oder Ihrer Annotationssoftware.
Ist der Start eines Features größer als sein Ende, behandelt dieses Tool es als über den Ursprung hinausreichend und zeichnet einen durchgehenden Bogen – Sie müssen ein Insert nicht in zwei Zeilen aufteilen, nur weil es Position 0 überschreitet.
Fügen Sie Schnittstellen als Paare aus Enzymname und Position hinzu und wählen Sie die Zählung im oder gegen den Uhrzeigersinn passend zur Ausrichtung, die Ihr Labor oder Ihre Annotationssoftware für das Plasmid verwendet.
Laden Sie das fertige Plasmiddiagramm als SVG für eine noch bearbeitbare Abbildung herunter oder als PNG für einen Laborbuch-Eintrag oder eine Folie – beide stammen direkt aus derselben Darstellung, die die Vorschau zeigt.
Eine Plasmidkarte ist ein kreisförmiges Diagramm der Plasmidsequenz, das zeigt, wo jedes funktionelle Element relativ zu den anderen liegt – nicht nur eine Länge in Basenpaaren. Publikationen und Laborbücher nutzen sie, um auf einen Blick zu vermitteln, woraus ein Konstrukt besteht: ein Replikationsursprung, damit sich das Plasmid im Wirt vermehren kann, ein Resistenzmarker zur Selektion, ein Promotor, der das Zielgen antreibt, sowie flankierende Tags oder Terminatoren.
Die Richtung ist ebenso wichtig wie die Position. Zwei Features können dieselben Koordinaten auf der DNA einnehmen und dennoch biologisch unterschiedliche Konstrukte sein, je nachdem, von welchem Strang aus sie gelesen werden – ein Promotor, der die Transkription im oder gegen den Uhrzeigersinn antreibt, verändert, was er tatsächlich steuern kann. Ein Plasmiddiagramm ohne Pfeile fehlt eine Information, die ein Leser braucht, nicht nur eine stilistische Verzierung.
Schnittstellen sind nützlicher, aber optionaler Kontext, kein Teil der eigentlichen Feature-Liste: Sie beschreiben, wo ein Verdau schneiden würde, nicht, was die Sequenz tut. Eine Karte, die beides trennt – Features auf einem Ring, Schnittstellen auf einem anderen –, bleibt als Verdauplan lesbar, selbst wenn das Konstrukt selbst dicht mit Tags und einem Resistenzmarker nahe der Multiple Cloning Site (MCS) bepackt ist.
Häufige Fragen zum Zeichnen und Lesen kreisförmiger Plasmiddiagramme.
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