차별 발현 결과를 붙여넣고, 유의성 임계값을 설정하고, 출판 준비가 된 볼케이노 플롯을 다운로드하세요. 전적으로 브라우저에서 실행됩니다 — 데이터는 기기를 떠나지 않습니다.
볼케이노 플롯은 통계적 유의성을 생물학적 효과 크기에 대응시키는 산점도 차트입니다. 가로축은 log₂ 배수 변화(fold change)를, 세로축은 −log₁₀ p-value를 나타냅니다. 위쪽 모서리에 위치한 점들은 변화 폭이 크면서도 통계적으로 유의미한 유전자(또는 단백질, 대사산물, 기타 특징)를 나타내며, 후속 실험을 위한 유력한 후보가 됩니다.
유전체학, 단백질체학, 대사체학 분야의 연구자들은 수천 개의 비교를 한눈에 살펴보기 위해 볼케이노 플롯을 사용합니다. 스프레드시트를 한 줄씩 훑어보는 대신, 차트에서의 위치만으로 상향 조절 및 하향 조절된 특징을 즉시 식별할 수 있습니다. Nature Methods나 Bioinformatics 같은 저널은 이 형식의 그림을 정기적으로 게재하는데, 이는 크기(magnitude)와 신뢰도(confidence)라는 두 가지 핵심 차원을 하나의 직관적인 뷰에 담아내기 때문입니다.
이 볼케이노 플롯 생성기는 전적으로 브라우저에서 실행됩니다. 유전자 이름, log₂ 배수 변화, p-value 표를 붙여넣으면 도구가 CSV 또는 TSV를 자동으로 파싱하고 차트를 실시간으로 렌더링하며, 저널 투고에 적합한 벡터 SVG 또는 고해상도 PNG로 내보낼 수 있습니다. 설치할 것도 없고, 만들 계정도 없으며, 데이터가 사용자의 기기를 벗어나지 않습니다.
동일한 볼케이노 플롯 생성기가 RNA-seq, 단백질체학, 대사체학, 단일세포 실험 데이터를 처리합니다. 아래의 각 예제는 서로 다른 데이터셋을 사용하여 유의성 임계값과 라벨링이 다양한 규모와 분포에 어떻게 적응하는지 보여줍니다.
처리군과 대조군 간의 전형적인 벌크 RNA-seq 비교로, DESeq2 출력 결과를 볼케이노 플롯 생성기에 직접 붙여넣은 예시입니다. 빨간색과 파란색 클러스터는 배수 변화 및 p-value 컷오프를 초과하는 수십 개의 차등 발현 유전자를 강조합니다.
질량분석 실험에서 얻은 라벨 프리(label-free) 정량 단백질체학 데이터입니다. 전사체보다 전체 특징 수는 적지만, 볼케이노 플롯은 여전히 유의미한 히트를 배경 노이즈와 한눈에 구분해 줍니다.
조정된 p-value(FDR)를 사용한 비표적 대사체학 비교. 볼케이노 플롯 생성기는 p_adj 또는 FDR 열을 인식하며, 제공한 지표에 맞게 임계값 선을 표시합니다.
볼케이노 플롯 생성기로 실행한 단일세포 RNA-seq 클러스터 비교의 마커 유전자입니다. 수천 개의 피처와 매우 작은 p-value가 있는 경우, 도구가 y축을 자동으로 조정하고 가장 유의미한 히트만 레이블로 표시합니다.
원시 차별 발현 데이터에서 원고에 바로 넣을 수 있는 그림까지 네 단계. 볼케이노 플롯 생성기가 열 감지, 스케일링, 렌더링을 자동으로 처리합니다.
분석 도구(DESeq2, limma, edgeR 또는 유전자 이름과 log₂ 배수 변화 및 p-value를 출력하는 모든 파이프라인)에서 테이블을 복사하세요. 볼케이노 플롯 생성기는 TSV와 CSV를 지원하며 gene, log2fc, padj, fdr과 같은 일반적인 열 헤더를 자동으로 감지합니다.
배수 변화 컷오프(기본값 |log₂FC| > 1, 즉 2배 변화)와 p-value 컷오프(기본값 0.05)를 조정하세요. 점선 임계값 선이 실시간으로 업데이트되어 어떤 피처가 기준을 통과하는지 정확히 확인할 수 있습니다.
임계값이나 데이터를 변경하면 차트가 즉시 렌더링됩니다. 상향 조절된 피처는 빨간색, 하향 조절된 피처는 파란색, 유의하지 않은 피처는 회색으로 표시됩니다. 생성기는 유의성 기준 상위 유전자에 레이블을 지정하므로, 레이블 개수를 조정하여 이름을 더 많이 또는 더 적게 표시할 수 있습니다.
Illustrator 또는 Inkscape에서 편집할 수 있는 무손실 벡터 파일을 얻으려면 SVG 다운로드를, 저널 투고에 바로 사용할 수 있는 2× 해상도 래스터를 얻으려면 PNG 다운로드를 클릭하세요. 두 형식 모두 화면에 보이는 레이아웃을 그대로 유지합니다.
DESeq2, limma, edgeR 또는 모든 차별 발현 파이프라인의 출력을 붙여넣으세요. 볼케이노 플롯 생성기는 gene, log2FoldChange, padj, FDR과 같은 일반적인 열 이름을 인식하고 자동으로 매핑하므로 데이터를 다시 포맷할 필요가 없습니다.
유의성 컷오프를 드래그하면 볼케이노 플롯이 실시간으로 업데이트됩니다. 점들이 색상 범주 사이에서 즉시 이동하므로 분석 파이프라인을 다시 실행하지 않고도 다양한 엄격성 수준을 탐색할 수 있습니다.
연구자들이 볼케이노 플롯과 이 생성기 도구에 대해 가장 자주 묻는 질문에 대한 답변입니다.
볼케이노 플롯과 MA 플롯은 모두 차등 발현 결과를 시각화하지만, 데이터의 서로 다른 측면을 강조합니다. 전달하고자 하는 내용에 가장 잘 맞는 형식을 선택하세요.
효과 크기와 통계적 유의성을 한눈에 결합합니다.
평균 발현 수준의 함수로 폴드 체인지를 보여줍니다.
데이터를 붙여넣고, 임계값을 설정하고, 출판 준비가 된 그림을 다운로드하세요 — 모두 브라우저에서 가능합니다.
