Incolla una matrice di distanze o un elenco di altezze di fusione, scegli un metodo di linkage: questo generatore di dendrogrammi raggruppa i dati in tempo reale e disegna un albero in scala con asse delle distanze, pronto per l'esportazione in SVG o PNG.
Un asse delle distanze e una linea di taglio fanno il lavoro vero qui: questi quattro dendrogrammi, realizzati con il generatore di dendrogrammi, mostrano come l'ordine di fusione diventi un numero di cluster difendibile.
Cinque geni raggruppati per distanza del profilo di espressione con linkage medio: in questo dendrogramma una linea di taglio ad altezza 3.0 segna dove i dati si dividono in due gruppi.
Un dendrogramma di marketing analytics costruito da una matrice di distanze a coppie, che mostra come il linkage singolo incateni i clienti a piccole distanze prima delle fusioni più ampie.
Un dendrogramma di text mining che raggruppa documenti per similarità di distanza coseno con linkage completo, utile per individuare cluster tematici prima della revisione manuale.
Un dendrogramma di ecologia che raggruppa campioni di microbioma per distanza nella composizione della comunità, con l'asse nella stessa unità della metrica di distanza sottostante.
Incolla una matrice di distanze a coppie in formato CSV e il generatore di dendrogrammi esegue direttamente il clustering gerarchico agglomerativo, senza notebook né installazione di pacchetti. Ogni altezza di fusione nel dendrogramma risultante è calcolata dai tuoi dati, non stimata.
Il metodo di linkage cambia dove avvengono le fusioni e quanto risultano compatti i cluster: il linkage medio bilancia i due estremi, il linkage singolo tende a incatenare punti vicini, il linkage completo favorisce cluster stretti e uniformi. Cambia metodo sulla stessa matrice per vedere come si sposta l'output del generatore di dendrogrammi prima di sceglierne uno.
Posiziona una linea di taglio orizzontale a qualsiasi soglia di distanza e il generatore di dendrogrammi conta e riporta quanti cluster produce quel taglio: il modo standard per giustificare un numero di gruppi scelto invece di deciderlo in modo arbitrario.
A differenza di un cladogramma, in un dendrogramma l'altezza dei rami è un dato: è la distanza o dissomiglianza a cui due cluster si sono uniti. Il generatore di dendrogrammi disegna un asse etichettato nella stessa unità dei tuoi dati, così la posizione verticale di ogni giunzione è qualcosa che puoi davvero misurare.
Quattro passaggi dalle distanze grezze a un dendrogramma in scala, pronto per l'esportazione.
Incolla una matrice di distanze a coppie in CSV (cella in alto a sinistra vuota, etichette sulla prima riga e colonna), oppure incolla dati di altezza di fusione già calcolati se il clustering è stato eseguito altrove.
Quando raggruppi da una matrice, scegli linkage medio, singolo o completo. Questa scelta cambia l'ordine e le altezze di fusione risultanti nel dendrogramma, quindi scegli quella coerente con la tua analisi, non quella di default.
Attiva la linea di taglio e imposta una soglia di distanza; il generatore di dendrogrammi riporta quanti cluster esistono a quell'altezza, che puoi regolare finché il raggruppamento non corrisponde ai tuoi dati.
Scarica un SVG per una figura vettoriale che puoi rietichettare per un articolo o una slide, oppure un PNG a 2× per un report.
Un dendrogramma è un diagramma ad albero che registra l'ordine e l'altezza a cui gli elementi sono stati uniti durante un clustering gerarchico. A differenza di un cladogramma, dove la lunghezza dei rami non ha significato, in un dendrogramma l'altezza dei rami è un dato reale: è il valore di distanza o dissomiglianza a cui due cluster sono stati uniti, leggibile direttamente su un asse etichettato.
Due scelte determinano cosa mostra davvero un dendrogramma. La prima è la metrica di distanza: distanza euclidea, distanza di correlazione, distanza coseno e altre definiscono ciascuna "simile" in modo diverso, quindi gli stessi dati grezzi possono produrre altezze di fusione differenti a seconda di quale scegli. La seconda è il metodo di linkage: il linkage medio unisce i cluster in base alla distanza media a coppie, il linkage singolo unisce in base alla coppia più vicina (che può incatenare punti distanti tramite intermediari) e il linkage completo unisce in base alla coppia più lontana (favorendo cluster stretti e compatti). Cambiare la metrica o il metodo di linkage può cambiare quali gruppi sembrano naturali nel dendrogramma risultante, quindi entrambe le scelte vanno dichiarate nella sezione metodi, non lasciate ai valori di default del software.
Una volta costruito un dendrogramma, una linea di taglio orizzontale a una soglia di distanza scelta trasforma la struttura continua delle fusioni in un numero discreto di cluster: tagliando più in basso si ottengono più cluster, più piccoli; tagliando più in alto se ne ottengono meno, più ampi. È il modo standard con cui i ricercatori giustificano un numero specifico di cluster nell'analisi dei cluster, invece di affermarlo senza prove.
Domande frequenti su dendrogrammi, metodi di linkage e come costruirne uno con questo strumento.
Incolla una matrice di distanze o le altezze di fusione e scarica un dendrogramma in scala, pronto per un articolo, un poster o un report.