Incolla un elenco di feature e ottieni subito un diagramma plasmidico circolare in stile pubblicazione — marcatore di resistenza, promotore, ori e inserto, ciascuno disegnato con una freccia di direzione e impilato in modo che le annotazioni sovrapposte restino leggibili. Questo strumento funziona interamente nel browser: quello che scrivi non lascia mai il browser.
Quattro elenchi di feature, quattro risultati. Ogni mappa vettoriale qui sotto è stata prodotta dallo stesso generatore che puoi usare qui sopra — nessuna rifinitura manuale, nessun ridisegno a mano.
Un marcatore di resistenza e il suo promotore si trovano accanto all'origine di replicazione, la disposizione tipica della maggior parte dei vettori di clonaggio. Lo strumento colora ogni tipo di feature in modo coerente, così un revisore può scorrere l'anello e capire cosa sta guardando senza cercare una legenda.
Un gene di interesse clonato attraverso la posizione 0 non diventa un lungo arco invertito in questo diagramma plasmidico — viene disegnato come un unico arco breve e continuo attraverso l'origine, come effettivamente avvolge la sequenza sulla molecola circolare.
I siti di taglio di un multiple cloning site vengono aggiunti come brevi tacche esterne con etichette degli enzimi, separate dall'anello delle feature, così un piano di digestione resta leggibile anche su una mappa plasmidica compatta.
Due tag di affinità e un linker ravvicinati si impilano automaticamente su piste separate, mantenendo ogni etichetta leggibile — il tipo di annotazione densa che un costrutto di fusione richiede quasi sempre.
Nel clonaggio capita spesso di avere un inserto a cavallo della posizione 0/lunghezza. Molti strumenti costringono a dividerlo in due feature o, peggio, disegnano in silenzio un lungo arco invertito attorno all'intero plasmide. Questo strumento calcola l'angolo direttamente dall'estensione della feature, così un inizio maggiore della fine viene sempre reso come un breve arco attraverso l'origine.
Un promotore e un marcatore di resistenza spesso si trovano su filamenti opposti, e una sequenza codificante letta al contrario è una molecola diversa agli occhi di un revisore. Ogni arco di feature in questo generatore di mappe vettoriali porta una freccia che mostra l'orientamento diretto o inverso, e puoi capovolgere l'intera mappa tra numerazione oraria e antioraria.
I siti di taglio non sono feature — mescolarli nello stesso anello affolla rapidamente un diagramma plasmidico. I siti di taglio degli enzimi vengono disegnati su un proprio anello esterno di tacche con etichette, così un piano di digestione per un multiple cloning site resta leggibile accanto alle feature annotate.
I costrutti reali comprimono un promotore, un tag e un terminatore in poche centinaia di paia di basi. Questo strumento assegna automaticamente le annotazioni sovrapposte a piste separate, spostando le etichette verso l'esterno così nulla si sovrappone anche in un costrutto multi-tag denso.
Quattro passaggi dalla tabella delle feature di un file di sequenza a una mappa circolare esportabile.
Inserisci la lunghezza totale in paia di basi, poi aggiungi una riga per feature: nome, inizio, fine, tipo e una direzione facoltativa. Prendi questi dati direttamente dalla tabella delle feature del tuo file di sequenza o dal software di annotazione.
Se l'inizio di una feature è maggiore della sua fine, questo strumento la interpreta come un attraversamento dell'origine e disegna un unico arco continuo — non serve dividere un inserto in due righe solo perché attraversa la posizione 0.
Aggiungi i siti di taglio come coppie nome enzima e posizione, e scegli la numerazione oraria o antioraria in base a come il tuo laboratorio o il tuo software di annotazione orienta il plasmide.
Scarica il diagramma plasmidico finito come SVG per una figura ancora modificabile, o come PNG per una voce di quaderno di laboratorio o una diapositiva — entrambi provengono direttamente dallo stesso rendering che vedi nell'anteprima.
Una mappa plasmidica è un diagramma circolare della sequenza di un plasmide che mostra dove si trova ogni elemento funzionale rispetto agli altri — non solo una lunghezza in paia di basi. Articoli e quaderni di laboratorio la usano per comunicare, a colpo d'occhio, da cosa è costruito un costrutto: un'origine di replicazione perché il plasmide si propaghi in un ospite, un marcatore di resistenza per la selezione, un promotore che guida il gene di interesse, ed eventuali tag o terminatori attorno ad esso.
La direzione conta quanto la posizione. Due feature possono occupare le stesse coordinate sul DNA ed essere comunque costrutti biologicamente diversi a seconda di quale filamento viene letto — un promotore che guida la trascrizione in senso orario invece che antiorario cambia cosa può effettivamente guidare. Un diagramma plasmidico che omette le frecce manca di un'informazione di cui il lettore ha bisogno, non è solo una scelta stilistica.
I siti di restrizione sono un contesto utile ma facoltativo, non parte dell'elenco delle feature in sé: descrivono dove taglierebbe una digestione, non cosa fa la sequenza. Una mappa che separa i due elementi — feature su un anello, siti di taglio su un altro — resta leggibile come piano di digestione anche quando il costrutto stesso è denso di tag e un marcatore di resistenza ravvicinato al multiple cloning site (MCS).
Domande comuni su come disegnare e leggere diagrammi plasmidici circolari.
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